В связи с необходимостью увеличения доли продукции, поставляемой на экспорт и повышения конкурентоспособности продукции, в 2002 году была начата работа по разработке и внедрению системы менеджмента качества (СМК) в соответствии с требованиями МС ИСО 9001-2000. В 2003 году предприятие получило сертификаты TUV CERT и Госстандарта РК на систему управления качеством.
   В целях повышения эффективности системы управления охраной окружающей среды в 2006 году разработана и внедрена система экологического менеджмента (СЭМ). Проведен анализ всех экологических аспектов осуществляемой деятельности, разработаны мероприятия по контролю и снижению воздействия на окружающую среду, осуществляется
периодический анализ осуществляемой природоохранной деятельности, что позволяет находить дополнительные возможности снижения воздействия на окружающую среду. В марте 2007 года получен сертификат о соответствии системы экологического менеджмента предприятия требованиям ИСО 14001-2004 (система сертифицирована фирмой RW TUV в системе TUV CERT (Германия) сертификат № 04 104 040044).
В феврале 2009 года на АО «Костанайские минералы» прошел наблюдательный аудит по СМК и СЭМ для подтверждения соответствия требованиям ИСО 9001-2000 и ИСО 14001-2004. Все необходимые процедуры, касающиеся функционирования СМК и СЭМ выполнены.
     Предприятие определило основные стратегические цели и направления деятельности в области качества выпускаемой продукции, определило ресурсы и методы достижения поставленных целей и направлений,
которые ориентируются, в первую очередь, на выполнение всех требований потребителей.
     Политика в области качества выражает намерения предприятия постоянно повышать результативность СМК. В ней сформированы основные цели и задачи предприятия и пути их достижения.